申報工作由推薦單位負責，項目申報程序及支持方式同一般創新基金項目。
申報截止時間為2009年5月31日。
第二章 管理單位和服務機構
一、管理中心
科技部科技型中小企業技術創新基金管理中心（以下簡稱管理中心）在科學技術部和財政部指導下，負責創新基金的日常管理工作，履行下列職能：
1．研究提出創新基金年度支持重點方向和工作指南，統一受理創新基金項目申報并進行審查；
2．研究提出有關創新基金項目的評審標準，提出參與創新基金管理的評估機構及其他中介機構的資格條件；
3．委托或者組織有關單位或者機構進行創新基金項目的評審、評估等工作；
4．負責編制創新基金的年度財務決算和工作計劃，提出創新基金年度支持的項目建議，具體負責創新基金的運作；
5．全面負責創新基金項目實施過程的綜合管理，負責創新基金項目的統計、監理、驗收和定期報告工作；
6．負責“創新基金網絡工作系統”的開發和維護。
二、推薦單位和項目組織單位
（一）推薦單位是歸口管理轄區內創新基金工作的機構。各省、自治區、直轄市、計劃單列市、新疆生產建設兵團的科技主管部門是推薦單位。
（二）項目組織單位具體組織該轄區內創新基金項目的申報、地方評審和立項等工作。推薦單位可以作為項目組織單位，其他項目組織單位必須同時具備下列條件：
1．經推薦單位同意并授權開展相關工作；
2．副省級城市科技主管部門或國家高新技術產業開發區管委會；
3．已建立不低于1000萬元的地方基金，用于支持科技型中小企業，并制定相應管理辦法；
4．掌握創新基金的法規與政策，熟悉創新基金業務管理有關知識；
5．具有相應的網絡工作條件和相應的項目管理能力；
6．具有組織專家進行項目評審的能力；
7．有相應的工作人員和管理經費。
（三）職責和任務：
1．推薦單位應協助管理中心征集和推薦創新基金評審專家，協助完成專家的注冊工作；按照管理中心的要求建立地方專家庫，同時為轄區內的項目組織單位開放專家庫；專家庫內的專家應在創新基金評審工作中有效使用并對相關信息及時維護；
2．項目組織單位負責推薦服務機構，經推薦單位審核認定，報管理中心備案；
3．項目組織單位對服務機構進行工作指導及日常工作管理，協助服務機構完成注冊工作，并給予必要的支持，提供相應工作經費；
推薦單位承擔對服務機構的監督與管理職責，對有違規違紀、不能勝任工作的服務機構應取消其資格，并報管理中心取消其備案；