注：請按以上順序編制目錄，并進行熱壓裝訂，封面顏色按領域區分：
電子信息技術：深藍色
生物與新醫藥：深綠色
新材料：黃色
光機電一體化：大紅色
資源與環境：橘黃色
新能源與高效節能：白色
高技術服務業： 按上述應用領域選擇顏色
三、注意事項
（一）申報企業只能根據自身特點從市科委、中關村管委會、海淀園管委會中選擇一家組織單位申報一個項目，嚴禁重復申報。
（二）已獲得國家創新基金或北京市創新資金支持的企業，必須在已立項項目驗收合格后，方可申請新項目；驗收基本合格的項目，承擔企業當年不得申請新項目；驗收不合格的項目，承擔企業原則上三年內不得申請新項目。
（三）對于2008年以前（含2008年）已申報創新資金但未立項的項目，今年申報時請慎重考慮，如無重大改進服務機構將不予受理。如果項目確有突破和重大進展，請在今年申報時提供相關證明材料。
（四）對2008年度北京市創新資金已立項，但未申報創新基金的項目，以該項目組織單位2008年公告的立項文件及2008年資金到位證明為準，可以直接申報創新基金。2008年北京市立項支持的資金作為項目新增投資，視同為2009年北京市立項支持資金。
（五） 對于2008年度創新資金立項，但推薦科技部創新基金未立項項目，如今年確有最新重大進展，可提出書面申請，經項目組織單位批準后方可再次推薦申報。請企業慎重考慮再次申報，如無重大進展，將不予受理。
（六） 對申請材料中所需的附件，要認真核對，在評審過程中原則上不再要求企業補充材料。所缺部分，均認為企業無法提供。
第三章 評審立項
2009年創新資金評審工作按照基金管理中心制定的《科技型中小企業技術創新資金專家評審工作規范》，從全市統一的專家庫選聘專家，以公平、公開、公正為原則，對申報項目進行評審。必要時通知企業答辯或現場考察。
對經過評審給予資金支持的項目，將通過網站等途徑向社會公布，并報送市財政部門備案。根據專家評審意見，對項目進行分檔支持。創新資金立項項目中符合國家創新基金條件的將統一擇優推薦至科技部基金管理中心（從海淀園申請企業可以選擇僅申報海淀園創新資金）。不立項項目，不再單獨告知結果。
第四章 項目管理
（一）合同簽訂和資金撥付
對于立項項目，由組織單位與項目承擔單位簽訂資助合同。依據合同規定的撥款計劃，組織單位向項目承擔單位撥付資金。企業應單獨核算、專款專用。
（二）項目監理驗收
項目承擔單位應依據合同，定期向組織單位報送項目監理表，自覺接受有關單位對項目實施過程的監理。在項目執行期間，如發現并證實項目承擔單位有嚴重違法、弄虛作假、挪用擠占創新資金等違反有關規定和財經紀律的行為，或承擔單位不履行合同，不配合開展相關工作的，將終止項目，并采取通報批評、停止撥款、收回項目資金、列入黑名單等相應處理措施；情節嚴重者，轉交有關部門追究單位和有關人員的責任，并在今后不再受理該單位的項目申報。