4，業務范圍不同。
　　注冊會計師審計主要是財報審計，以財報審計拓展到代編財務信息，執行商定程序、財務咨詢等活動。而內部審計是以企業財務活動為基礎，拓展到以管理領域為主的一種審計活動。
　　現在市面上的一些內部審計的書主要講的不是財務審計方面的內容，主要是避免與注冊會計師審計重復和有的內部審計專家的錯誤觀念導至，但是索耶在期著作中明確告誡“在熱衷于這些審計所產生的有利影響時，絕不能走得太遠，決不能乎視基本的財務審計和經濟業務審計”。
　　5，審計標準不同。
　　內部審計的標準是公認的方針和程序，注冊會計師的標準是會計準則和相關法律法規。
　　6，專業勝任能力要求不同。
　　內部審計要求具備一定的管理知識水平，由于內部審計的目標是幫助企業實現其目的，改善機構動作并增加價值，故要求內部審計人員具備一定的管理知識與水平。
現代企業內部審計工作主要涵蓋的內容
　　1、財務收支審計。主要是評價和監督企業是否做到資產完整、財務信息真實及經濟活動收支的合規性、合理性及合法性，對會計記錄和報表分析提供資料真實性和公允性證明；
　　2、經濟責任審計。是評價企業內部機構、人員在一定時期內從事的經濟活動，以確定其經營業績、明確經濟責任，這里包括領導干部任期經濟責任審計和年度經濟責任審計。
　　3、經濟效益審計。審計重點是在保證社會效益的前提下
　　以實現經濟效益的程序和途徑為內容，對企業的經營效果、投資效果、資金使用效果做出判斷和評價，其中基建工程預決算審計應為重中之重。
　　4、內部控制制度評審。主要是對企業內部控制系統的完整性、適用性及有效性進行評價。
　　5、開展明晰產權的審計。審計明晰其產權歸屬，避免造成國有資產、集體資產流失或其他有損企業利益的行為。
　　6、其他審計。結合企業自身行業特點，開展對經營、管理等方面的審計工作，以增強醫院后備能量。
內部審計和自我評估體系
　　對于客觀性和公正性的需要（這一點對于銀行業內審部門尤其重要）并不一定排除內審部門參與咨詢或建議工作的可能性。由于需要對決策行為進行控制，為確保管理層作出有根據的決策，建議高級管理層完善內部控制常常是一種節省成本的做法。但是，其他形式的建議或咨詢應當是內部審計基本職能的輔助性工作，因為內部審計是一項銀行內部的獨立評估工作，用于審查和評價銀行的內控體系（包括對財務報告過程的控制）。同時，即使內審人員已經建議高級管理層如何設置內部控制，他們也可就高級管理層直接或指導下建立起來的內控體系作出分析和評判。